鸭嘴鱼的食性与花鲢相似，主食浮游动物、枝角类动物，特别喜食水蚤，也偶尔摄食摇蚊幼虫等小型水生昆虫。鱼体长在12厘米以下的匙吻鲟鱼，能逐个蚕食浮游动物，也蚕食小鱼、小虾。鱼体长超过12厘米，其摄食器官发育完善，转为滤食方式，能捕捉游泳很快的桡足类动物。随着匙吻鲟个体的长大，也摄食颗粒饲料。
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